โครงการแก้มลิงในพื้นที่ฝั่งตะวันออก
ของแม่น้ำเจ้าพระยา
จะรับน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาตั้งแต่จังหวัดสระบุรี พระนครศรีอยุธยา ปทุมธานี นนทบุรี และกรุงเทพมหานคร มาตามคลองสายต่าง ๆ โดยใช้คลองชายทะเลที่ตั้งอยู่ริมทะเลด้านจังหวัดสมุทรปราการ ทำหน้าที่เป็นบ่อพักน้ำหรือรับน้ำ และพิจารณาหนองบึงหรือพื้นที่ว่างเปล่าตามความเหมาะสมเป็นบ่อพักน้ำเพิ่ม เติม โดยใช้คลองธรรมชาติในแนวเหนือใต้ เช่น คลองพระองค์ไชยานุชิต คลองบางปลา คลองด่าน คลองบางปิ้ง คลองตำหรุ คลองชายทะเล เป็นแหล่งระบายน้ำเข้าและออกบ่อพักน้ำ